Stipendiaten 2007
Bernhard Renard
- Bernhard Renard
Projekttitel: Software zur robusten, quantitativen Vorverarbeitung experimenteller Proteomikdaten
Hochschule: Universität Heidelberg
Studiengang: Informatik
Kurzbeschreibung
Die moderne Systembiologie hat das Ziel, biologische Organismen in ihrer Gesamtheit zu verstehen, um so Rückschlüsse auf die Entstehung von Krankheiten wie bspw. Krebs zu ermöglichen. Hierbei kommt experimentellen Daten, die durch Massenspektrometrie gewonnen werden, eine zentrale Bedeutung zu.
Das Problem, das sich bei dieser Analyse allerdings ergibt, ist die hohe Komplexität von proteomischen Massenspektren, die oft ein starkes Rauschen aufweisen. Gleichzeitig werden in ca. 100.000 Kanälen Daten aufgenommen, von denen aber normalerweise nur ca. 50 biologische Relevanz aufweisen. Daher ist eine intelligente, automatische Vorverarbeitung zur Identifikation dieser Peaks von höchstem Interesse. Im Rahmen dieses Projektes soll ein Softwarepaket entwickelt werden, das in der Lage ist, vollkommen automatisch die relevante Information aus Massenspektren von (komplexen) Proteingemischen zu extrahieren und dabei das relevante Signal von aufnahmebedingtem wie auch chemischem Rauschen trennt.
Das Softwarepaket soll universell einsetzbar sein und sowohl auf verschiedenen proteomischen Daten- wie auch Gerätetypen Anwendung finden. Ferner soll es freiverfügbar sein.
Ein besonderer Augenmerk soll dabei auf die Robustheit des Verfahrens sowie auf die Schnelligkeit und Performanz der Software gelegt werden, damit die Datenanalyse nicht hinter die Geschwindigkeit der modernen Experimente in der Proteomik zurückfällt und somit zum Flaschenhals in der Analyse von Massenspektren wird.
