Stipendiaten 2007
Christoph Müssel
  Christoph Müssel |
Projekttitel: Entwicklung von Klassifikator- und Sensorfusionsverfahren für Microarray-Daten
Hochschule: Universität Ulm
Studiengang: Informatik
Kurzbeschreibung
In der Bioinformatik werden oftmals Klassifikatoren eingesetzt, um anhand von Befunddaten eines Patienten Unterstützung bei der Eingruppierung in verschiedene Risikoprofile zu geben.
Seit längerem untersuche ich die Erkennungsleistung verschiedener Klassifikatoren auf Microarray-Daten, die Auskunft über die Regulation mehrerer tausend Gene geben und besonders in der Onkologie eine wichtige Rolle spielen. Die hohe Dimensionalität dieser Daten stellt eine große Herausforderung für herkömmliche Klassifikationsverfahren dar.
In einem Pilotversuch konnte ich zeigen, dass die Verschmelzung mehrerer Klassifikatoren zu besseren Ergebnissen führen kann.
Es wurden dabei zwei Arten von Befunddaten von denselben Patienten, einerseits Aberrationsprofile (Matrix-/Array CGH) und andererseits Expressionsprofile verwendet. Die einzelnen Klassifikationsergebnisse wurden mithilfe eines einfachen Fusionsverfahrens kombiniert. Dabei lag die Fehlerquote des fusionierten Klassifikators deutlich unter der Quote der beiden einzelnen Klassifikatoren.
In meinem Projekt möchte ich nun fortgeschrittene Methoden der Klassifikatorfusion entwickeln und auf die spezielle Problematik der Fusion hochdimensionaler niedrigkardinaliger Daten aus Hochdurchsatz-Experimenten anwenden.
Weiterhin ist geplant, auch weitere Sensoren, speziell miRNA-Profile, in die Klassifikation einzubinden. Softwareseitig ist das Ziel, ein Modul in der Statistiksprache R zu entwickeln und in das Bioconductor-Projekt einzubringen.
