Stipendiaten 2004
Nils Gehlenborg
  Nils Gehlenborg |
Projekttitel: Enhanced Interactive Displays for Visual Exploration of Microarray Data
Hochschule: Universität Tübingen
Studiengang: Bioinformatik
Final Report (pdf, 550 kB)
Weitere Informationen zum Projekt finden Sie auf der Homepage von Mayday.
Kurzbeschreibung
Bei der DNA-Analyse besteht ein Mangel an geeigneten Verfahren für die visuelle Exploration von Microarray Daten. Nils Gehlenborg hat in seinem Projekt eine Visualisierungsmethode entwickelt, die die Integration von Meta-Information und Microarray-Daten erlaubt. Diese so genannte Enhanced Heatmap erlaubt es dem Benutzer die Relevanz der analysierten Gene zu definieren. Die Festlegung der Relevanz wird indirekt über die Meta-Information vorgenommen. In der Visualisierung werden dann die relevanten Gene gegenüber den weniger relevanten Genen hervorgehoben. Dadurch kann sich der Benutzer bei der visuellen Inspektion der Daten oder bei der Generierung von Hypothesen durch die verfügbare Meta-Information leiten lassen.
Das neue Visualisierungsverfahren wurde in ein bestehendes Software Framework zur Analyse von Microarray Daten integriert, um eine einfache Anwendbarkeit für Wissenschaftler und Studenten zu gewährleisten. Die besondere Herausforderung lag dabei in der Entwicklung eines generalisierten Modells zur Integration von Meta-Information unterschiedlichster Qualität und in der hohen Dimensionalität der Datensätze.
 Enhanced heatmap |
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 Meta Information |
Publikation zum Projekt:
Nils Gehlenborg, Janko Dietzsch & Kay Nieselt, A Framework for Visualization of Microarray Data and Integrated Meta Information. To appear in Information Visualization (special issue "Bioinformatics Visualization"), Volume 4, Number 3 (2005).
