  Sebastian Schultheiß und Christoph Malisi |
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Projekttitel: Comprehensive Meta Prediction and Annotation Services for Proteins (CoMPAS Pro)
Hochschule: Universität Tübingen
Studiengang: Bioinformatik
Projektseite bei der Uni Tübingen
Projektseite auf SourceForge.net
Durch Fortschritte in der Molekularbiologie, z.B. bei der Sequenzierung von Genomen, gibt es eine Unmenge von Daten, die man nur mittels computergestützter Analyse interpretieren kann. Von großer Bedeutung für die Arbeit von Biologen und Medizinern in der Krebsforschung ist u.a. die Analyse chemischer Strukturen und immunologischer Eigenschaften der Proteine.
Entsprechende bioinformatische Analysemethoden werden inzwischen auf einer Vielzahl von Webseiten angeboten. Diese haben jedoch verschiedene Benutzeroberflächen, erwarten eigens formatierte Daten als Eingabe und liefern Ergebnisse in unterschiedlichen nicht standardisierten Datenformaten. Deshalb ist es mit großem Zeitaufwand verbunden, eine gründliche Analyse der Eigenschaften eines Proteins durchzuführen. Analysen größerer Datensätze werden erheblich erschwert oder unmöglich.
| Sebastian Schultheiß und Christoph Malisi entwickeln ein Programm, das mehrere dieser Werkzeuge in einer Oberfläche aus einem Guss bündelt, die nur eine Eingabe verlangt und die Ausgaben in einheitlicher Weise darstellt, so dass die Interpretation und Weiterverwendung der Ergebnisse sehr erleichtert wird. Um mit wenig Aufwand existierende Dienste zu integrieren, entwerfen sie einen Framework, der es erlaubt existierenden Code einzubetten. Die Verteilung der Webdienste ermöglicht auch das Verteilen der Annotation auf viele Rechner, um so eine große Anzahl von Anfragen in kurzer Zeit durchzuführen. Die Kommunikation mit den Servern erfolgt über WSDL, einem Beschreibungsstandard für Webdienste des WWW-Consortiums. |
